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Atualizar tabela MySQL de um arquivo local


Sugiro que você carregue seus dados em uma tabela temporária e use um INSERT ... SELECT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE; por exemplo:
CREATE TEMPORARY TABLE temptable (
  id  INT UNSIGNED NOT NULL,
  val INT,
  PRIMARY KEY (id)
) ENGINE = MEMORY;

LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/file.txt' INTO temptable FIELDS TERMINATED BY ',';

INSERT INTO my_table
SELECT id, val FROM temptable
ON DUPLICATE KEY UPDATE val = VALUES(val);

DROP TEMPORARY TABLE temptable;