Mysql COUNT (*) em várias tabelas

Usando subseleções, você pode fazer:

SELECT co.*, 
    (SELECT COUNT(*) FROM modules mod WHERE mod.course_id=co.id) AS moduleCount, 
    (SELECT COUNT(*) FROM videos vid WHERE vid.course_id=co.id) AS vidCount
FROM courses AS co
ORDER BY co.id DESC

Mas tenha cuidado, pois essa é uma consulta cara quando os cursos têm muitas linhas.

EDITAR: Se suas tabelas forem muito grandes, a consulta a seguir deve ter um desempenho muito melhor (em favor de ser mais complexa de ler e entender).

SELECT co.*, 
    COALESCE(mod.moduleCount,0) AS moduleCount,
    COALESCE(vid.vidCount,0) AS vidCount
FROM courses AS co
    LEFT JOIN (
            SELECT COUNT(*) AS moduleCount, course_id AS courseId 
            FROM modules
            GROUP BY course_id
        ) AS mod
        ON mod.courseId = co.id
    LEFT JOIN (
            SELECT COUNT(*) AS vidCount, course_id AS courseId 
            FROM videos
            GROUP BY course_id
        ) AS vid
        ON vid.courseId = co.id
ORDER BY co.id DESC