O que eu gosto de fazer é:

• 
  Gere um ID único e aleatório no processo de registro
  
• 
  Armazene o ID junto com o endereço de e-mail, um campo "confirmado" (padrão:"não") e quaisquer dados adicionais em uma tabela de banco de dados
  
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  Envie o e-mail com um URL apontando para ativar o ID exclusivo (por exemplo, domain.com/activate.php?id=102939505595
  
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  A página de ativação verifica se a chave exclusiva existe e altera o confirmed campo para yes (ou 1 como queiras).
  
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  Adicionalmente e opcionalmente, salve a data/hora de confirmação, endereço IP e agente do usuário.