Você deve ser capaz de usar o do MySQL
FIND_IN_SET()
para usar a lista de ids:CREATE PROCEDURE `get_users_per_app` (id_list TEXT)
BEGIN
SELECT
app_id, GROUP_CONCAT(user_id)
FROM
app_users
WHERE
FIND_IN_SET(app_id, id_list) > 0
GROUP BY app_id;
...