Usar temporário significa que o MySQL precisa usar algumas tabelas temporárias para armazenar dados intermediários calculados ao executar sua consulta.

Usar filesort é um algoritmo de ordenação onde o MySQL não é capaz de usar um índice para ordenar e, portanto, não pode fazer a ordenação completa na memória. Em vez disso, ele divide a classificação em partes menores e, em seguida, mescla os resultados para obter os dados classificados finais.

Consulte http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.0/en/explain-output.html .

Eu acho que você pode estar usando um ORDER BY mais alguma tabela ou subconsulta derivada. Seria ótimo se você pudesse colar sua consulta e informações relevantes de tabelas/índices e a saída EXPLAIN.