Você provavelmente deseja usar o modo de lote (-B) e desabilitar os nomes das colunas (--disable-column-names) para saída mysql não interativa:
out=$(mysql -B -db mydb -uanon -ppwd --disable-column-names -e "select count(*) from table1";)
out=$(mysql -B -db mydb -uanon -ppwd --disable-column-names -e "select count(*) from table1";)
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