Você pode fazer isso muito facilmente usando um dump. Faça um despejo usando
mysqldump --skip-opt --set-charset --skip-set-charset
Em seguida, crie outro banco de dados, defina seu conjunto de caracteres padrão como UTF-8 e, em seguida, carregue seu dump de volta com:
mysql --default-character-set=<your iso encoding>
A idéia principal é fazer um dump sem nenhum sinal de codificação de dados.
Então, no momento da criação, a codificação da tabela seria herdada da codificação do banco de dados e definida como UTF-8. E com
--default-character-set dizemos ao MySQL para recodificar nossos dados automaticamente. 
