Esta é uma solução puramente php que parece ser a solução mais simples do que consegui encontrar até agora.
$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
$process_id = $row["Id"];
if ($row["Time"] > 200 )
{
$sql="KILL {$process_id}";
mysql_query($sql);
}
}
E executando isso a partir de um script CRON a cada 60 segundos.
Se alguém encontrar uma solução melhor para este problema, por favor me avise
