Por experiência própria, recomendo fazer as duas coisas. Eu tenho o backup automatizado definido para 8 dias e também tenho um script que tirará um instantâneo uma vez por dia e excluirá instantâneos com mais de 7 dias. O motivo é porque, pelo que entendi, existem certas situações em que você não pode restaurar a partir do backup automatizado. Por exemplo, se você excluir acidentalmente sua instância do RDS e não tirar um instantâneo final, não poderá acessar os backups automatizados que foram feitos. Mas também é bom ter os backups automatizados ativados, pois isso fornecerá a restauração pontual.

Espero que isto ajude.

EDITAR

Para responder ao seu comentário, uso uma certa convenção de nomenclatura quando meu script cria os instantâneos. Algo como:

autosnap-nome da instância -2012-03-23

Quando ele vai fazer a limpeza, ele recupera todos os instantâneos, procura por essa convenção de nomenclatura, analisa a data e exclui qualquer data anterior a uma determinada data.

Acho que você também pode ver a data de criação do instantâneo, mas foi assim que acabei fazendo isso.