É possível.
$mysqli->query($long_running_sql, MYSQLI_ASYNC);
echo 'run other stuff';
$result = $mysqli->reap_async_query(); //gives result (and blocks script if query is not done)
$resultArray = $result->fetch_assoc();
Ou você pode usar mysqli_poll se não quiser ter uma chamada de bloqueio
http://php.net/manual/en/mysqli.poll.php
