Estou usando o XAMPP no Windows e tive o mesmo problema. Achei que era a variável de tempo limite, mas era
max_allowed_packet . Isso corrigiu:
# note the change was made at this section
[mysqld]
port= 3306
socket= "/xampp/mysql/mysql.sock"
basedir="/xampp/mysql"
tmpdir="/xampp/tmp"
datadir="/xampp/mysql/data"
skip-locking
key_buffer = 16M
# it was 1M by default
max_allowed_packet = 2M
table_cache = 64
sort_buffer_size = 512K
net_buffer_length = 8K
read_buffer_size = 256K
read_rnd_buffer_size = 512K
myisam_sort_buffer_size = 8M
Este arquivo de configuração está localizado no «diretório de instalação do XAMPP, este é
C:\XAMPP por padrão» \mysql\bin\my.ini . 
