Você pode modificar o
main_menu.xml arquivo (para mim no Ubuntu 12.04 isso estava em /usr/share/mysql-workbench/data/ ). Depois de modificá-lo, você precisará reiniciar o MySQL Workbench. Vai ficar assim
<value type="object" struct-name="app.MenuItem" id="com.mysql.wb.menu.query.exec">
<link type="object" key="owner" struct-name="app.MenuItem">com.mysql.wb.menu.query</link>
<value type="string" key="caption">Execute (All or Selection)</value>
<value type="string" key="name">query.execute</value>
<value type="string" key="command">builtin:query.execute</value>
<value type="string" key="itemType">action</value>
<value type="string" key="shortcut">Modifier+E</value>
</value>
A penúltima linha (Modifier+E) foi editada por mim. Anteriormente, dizia "Modificador + Shift + Return". Observe que isso NÃO é um alias (você não pode ter os dois).
