Isso pode significar que o MYSQL está inativo ou você usa o nome do host errado durante a conexão. Mais uma razão possível para isso pode ser a diferença na configuração do soquete do php em relação ao mysql, você pode fazer o check-in observando o soquete de entrada na configuração do mysql. e olhando a saída de phpinfo(), você precisa apenas compará-lo. Ou pode ser que outra pessoa em sua máquina também esteja usando esse soquete.

PS. Além disso, meu palpite, passe pelo seu código e verifique se você sempre obtém sua conexão correta e todas as suas consultas também.