Consulte esta resposta . Parece que o driver MySQL deve estar em {$TOMCAT]/lib compartilhado entre aplicativos. Verifique se você não o está incluindo em cada aplicativo. Pelo menos funcionou para mim e consegui remover o aviso.

Se você estiver usando o Maven, marque a dependência como fornecida.


ATUALIZAÇÃO: A causa raiz é que o Tomcat tem problemas para fazer a coleta de lixo do driver porque ele está registrado em um singleton comum a várias aplicações. Fechar um aplicativo não permite que o Tomcat libere o driver. Veja esta resposta .