Provavelmente existe alguma maneira de fazer isso via MySQL, no entanto, a maneira mais fácil (e confiável) é usar o
microtime do PHP função, que retorna a hora atual em milissegundos. Algum código de exemplo:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds
