Mysql
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Tabela de junção dependendo do valor da coluna na tabela principal


Algo como 
SELECT *
FROM notificationTable notification   
LEFT JOIN commentTable comment
ON (notification.typeID = comment.ID AND notification.type == 'comment')
LEFT JOIN evenTable event
ON (notification.typeID = event.ID AND notification.type == 'accept')
WHERE notification.userID = 2

Mas eu recomendo fortemente redesenhar seu sistema para evitar relações polimórficas...