$starttime = microtime(true);
//Do your query and stuff here
$endtime = microtime(true);
$duration = $endtime - $starttime; //calculates total time taken
OBSERVAÇÃO que isso lhe dará o tempo de execução em segundos (não microssegundos) para o microssegundo mais próximo devido a
get_as_float
parâmetro sendo verdadeiro. Veja este