Não.

A extensão MySQL e MySQLi são “drivers” que cuidam da comunicação entre o PHP e o servidor de banco de dados MySQL;

eles não alterar o intervalo de comandos SQL que o servidor MySQL entende.

Portanto, contanto que a camada de abstração do banco de dados cuide de quais funções PHP devem usar para qual finalidade para você (e uma estrutura como CI certamente deve fazer isso), não há nada com que se preocupar em relação às consultas reais.