Isso depende da situação?

• Como os arquivos serão distribuídos?
• Os arquivos usados ​​são independentes ou fazem parte de um sistema que pode ter sua própria lógica de autorização e autenticação?
• Qual ​​é a sua estratégia de backup?
• Você precisa de replicação?
• Você precisa oferecer suporte a muitas E/S?
• E quanto ao armazenamento em cache?

Dito isso, eu me inclinaria para algum tipo de sistema de arquivos para documentos em um banco de dados.