Consulta SQL com MySQL

Acho que você está pedindo os 3 principais Deliverable s de Task ordenado por ID. Você poderia tentar algo assim:

Editar: Ok, vou dar mais uma facada nisso. Isso deve fornecer os 3 principais Deliverable s ordenados por Task.id pegando apenas o Deliverable associado ao max(Task.id)

deliverables = 
        (List<Deliverable>) session.createQuery(
            "from Deliverable as d, Task as t
                where t.deliverable.id = d.id and
                t.id = (select max(t1.id) from Task t1 where t1.deliverable.id = d.id)
                and d.project.id= :id
                and t.user.username = :name
                order by t.id desc")
        .setMaxResults(3)
        .setLong("id", projectId)
        .setString("name", username)
        .list();