Este é um problema bastante comum causado por esquemas de codificação inconsistentes ao criar e exportar o banco de dados. Aqui está a maneira mais simples de resolver:

1. Importar seu arquivo de backup
2. Exporte novamente, mas usando latin1 codificação
3. Edite manualmente o arquivo exportado, altere todas as ocorrências de latin1 para utf8 .
4. Importe o arquivo editado.