O problema é que o conjunto de resultados será primeiro agrupado então pedido . Você pode usar a seleção aninhada para obter o que deseja.
Consulta SQL:
SELECT t.* FROM (SELECT * FROM messages ORDER BY created_at DESC) t GROUP BY t.from
Com Laravel:
$messages = Message::select(DB::raw('t.*'))
->from(DB::raw('(SELECT * FROM messages ORDER BY created_at DESC) t'))
->groupBy('t.from')
->get();
Você só precisa adicionar seu
where()
cláusulas.