O problema é com o Adaptador PHP que você está usando para se comunicar com o Mysql. Tanto quanto posso ver, você está usando o adaptador PDO para buscar o resultado da consulta. No entanto, este adaptador não suporta segundos fracionários (AAAA-MM-DD HH:MM:SS.F).

O adaptador PDO suporta YYYY-MM-DD HH:MM:SS e formata automaticamente o valor das colunas de data e hora para este formato.

Este é um bug no próprio adaptador PDO. Por favor, encontre o link abaixo para referência:http://grokbase.com/t/php/php-bugs/11524dvh68/php-bug-bug-54648-new-pdo-forces-format-of-datetime-fields