como obter o tempo de carregamento em milissegundos ou microssegundos no mysql

Eu vim com o mesmo problema, fiz minhas consultas de um console linux usando hora

$ time mysql --user="user" -D "DataBase" -e "SELECT SQL_NO_CACHE COUNT(1) FROM table"

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 count(1)
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 750
 ------------

 real 0m0.269s
 user 0m0.014s
 sys  0m0.015s

$ time -f"%e" mysql --user="user" -D "DataBase" -e "SELECT SQL_NO_CACHE COUNT(1) FROM table"

------------
 count(1)
------------
 750
------------
 0.24

Ele fornece valores diferentes de "mysql", mas pelo menos é algo com o qual você pode trabalhar, por exemplo, este script:

#!/bin
temp = 1
while [ $temp -le 1000]
do
    /usr/bin/time -f"%e" -o"/home/admin/benchmark.txt" -a mysql --user="user" -D "DataBase" -e "SELECT SQL_NO_CACHE COUNT(1) FROM table"  > /dev/null 2> /dev/null
    let temp=$temp+1
done

Execute a consulta 1000 vezes, -f mostra apenas o tempo real, -o o arquivo de saída, -a anexa à saída, > /dev/null 2> /dev/null ignora a saída da consulta para que ela não seja impressa no console todas as vezes.