Normalmente você pode usar
LIMIT
e ORDER
em seu UPDATE
instruções, mas no seu caso não, conforme escrito na Documentação MySQL 12.2 .10. ATUALIZAR Sintaxe
:Tente o seguinte:
UPDATE Ratemaster
SET Ratemaster.Rate =
(
SELECT Rates.Rate
FROM Rates
WHERE Ratemaster.user = Rates.user
ORDER BY Rates.id
LIMIT 1
)