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Mysql Selecione registros distintos apenas das últimas datas


Tente esta consulta

Se você quiser apenas para user1 então use esta consulta:
select username, course_id, max(ldate) as date
from tbl 
where username='user1'
group by username, course_id

SQL FIDDLE

| USERNAME | COURSE_ID |       DATE |
-------------------------------------
|    user1 |        22 | 2013-06-03 |
|    user1 |        54 | 2013-06-03 |

Se você deseja encontrar a data mais recente para todos os usuários, use esta consulta
select username, course_id, max(ldate) as date
from tbl 
group by username, course_id

Nesta consulta de dados de user2 também será incluído
| USERNAME | COURSE_ID |       DATE |
-------------------------------------
|    user1 |        22 | 2013-06-03 |
|    user1 |        54 | 2013-06-03 |
|    user2 |        71 | 2013-06-04 |