o problema é porque você tem a consulta em várias linhas usando o " " que o PHP está realmente enviando todos os espaços em branco para o MySQL, o que está causando um erro.
Coloque-o em uma linha ou acrescente em cada linha :o)
O Sqlyog deve estar cortando espaços em branco em cada linha, o que explica por que está funcionando.
Exemplo:
$qr2="INSERT INTO wp_bp_activity
(
user_id,
(this stuff)component,
(is) `type`,
(a) `action`,
(problem) content,
primary_link,
item_id,....
