O desempenho geral de uma consulta pode ser verificado usando o comando EXPLAIN no MySQL. Consulte https://dev.mysql.com/doc/ refman/5.7/en/using-explain.html

Ele mostra como o mecanismo MySQL planeja executar a consulta e permite que você faça algumas verificações básicas de sanidade, ou seja, se o mecanismo usará chaves e índices para executar a consulta, veja como o MySQL executará as junções (ou seja, se as chaves estrangeiras não estão faltando ) e muitos mais.

Você pode encontrar algumas dicas gerais sobre como usar EXPLAIN para otimizar consultas aqui (junto com alguns exemplos interessantes):http://www.sitepoint.com/using-explain-to-write-better-mysql-queries/