Parece que você precisa definir useAffectedRows nas propriedades do driver manualmente.

Consegui a solução depois de pesquisar no Google. Você pode consultar este MySql Bug para este INSERT ON DUPLICATE KEY UPDATE return 0 se não houver alteração em JDBC ExecuteUpdate

Também na discussão é afirmado que eles lançaram em 5.1.7

EDIT para sua segunda pergunta:

useAffectedRows :

Padrão:falso

Desde a versão:5.1.7

Referência useAffectedRows in JDBC Connector-j