Expandindo o anti-join do Sjoerd, você também pode usar o fácil de entender
SELECT WHERE X NOT IN (SELECT) padronizar. SELECT pm.id FROM r2r.partmaster pm
WHERE pm.id NOT IN (SELECT pd.part_num FROM wpsapi4.product_details pd)
Observe que você só precisa usar
` acentos graves em palavras reservadas, nomes com espaços e afins, não com nomes de colunas normais. No MySQL 5+ este tipo de consulta roda muito rápido.
No MySQL 3/4 é lento.
Certifique-se de ter índices nos campos em questão
Você precisa ter um índice em
pm.id , pd.part_num . 
