Eu enfrentei uma situação semelhante em que o InnoDB foi desativado após uma atualização do servidor mysql. A consulta "mostrar mecanismos " não exibiu Innodb . Seguindo este link resolveu o problema para mim.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart
