O
IGNORE
extensão de palavra-chave para MySQL parece ter um bug na versão InnoDB
em alguma versão do MySQL. Você sempre pode converter para MyISAM, IGNORE-ADD o índice e depois converter de volta para InnoDB
ALTER TABLE table ENGINE MyISAM;
ALTER IGNORE TABLE table ADD UNIQUE INDEX dupidx (field);
ALTER TABLE table ENGINE InnoDB;
Observe que, se você tiver restrições de chave estrangeira, isso não funcionará, você terá que removê-las primeiro e adicioná-las novamente mais tarde.