A pedido, agora como resposta...
Ao usar o MySQL Query Browser ou phpMyAdmin, parece que uma nova conexão é aberta para cada consulta (bugs.mysql.com/bug.php?id=8280 ), tornando necessário escrever todas as instruções drop em uma consulta, por exemplo.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DROP TABLE my_first_table_to_drop;
DROP TABLE my_second_table_to_drop;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
Onde o
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1 serve como uma medida extra de segurança... 
