Usando LEFT JOIN/IS NULL:
DELETE b FROM BLOB b
LEFT JOIN FILES f ON f.id = b.fileid
WHERE f.id IS NULL
Usando NOT EXISTS:
DELETE FROM BLOB
WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
FROM FILES f
WHERE f.id = fileid)
Usando NOT IN:
DELETE FROM BLOB
WHERE fileid NOT IN (SELECT f.id
FROM FILES f)
Aviso
Sempre que possível, execute DELETEs dentro de uma transação (assumindo suporte - IE:Não no MyISAM) para que você possa usar o rollback para reverter as alterações em caso de problemas.