Tente usar o SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) em sua consulta. (Usuários do MySQL 5.6 clicam em AQUI )
por exemplo.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Isso impedirá o MySQL de armazenar os resultados em cache, mas esteja ciente de que outros sistemas operacionais e caches de disco também podem afetar o desempenho. Estes são mais difíceis de contornar.
