Eu tive um problema semelhante e resolvi verificando os threads que estão em execução. Para ver os threads em execução, use o seguinte comando na interface de linha de comando do mysql:
SHOW PROCESSLIST;
Ele também pode ser enviado do phpMyAdmin se você não tiver acesso à interface de linha de comando do mysql.
Isso exibirá uma lista de threads com ids e tempo de execução correspondentes, para que você possa MATAR os threads que estão demorando muito Para executar.No phpMyAdmin você terá um botão para parar as threads usando KILL, se estiver usando a interface de linha de comando basta usar o comando KILL seguido do id da thread, como no exemplo a seguir:
KILL 115;
Isso encerrará a conexão para o segmento correspondente.
