Como um procedimento armazenado é criado, alterado e descartado usando consultas, você pode gerenciá-los usando o phpMyAdmin.
Para criar um procedimento armazenado, você pode usar o seguinte (alterar conforme necessário):
CREATE PROCEDURE sp_test()
BEGIN
SELECT 'Number of records: ', count(*) from test;
END//
E certifique-se de definir o campo "Delimitador" na guia SQL para //.
Depois de criar o procedimento armazenado, ele aparecerá no conjunto de campos Rotinas abaixo de suas tabelas (na guia Estrutura) e você poderá alterá-lo/descartá-lo facilmente.
Para usar o procedimento armazenado do PHP, você precisa executar uma consulta CALL, assim como faria no SQL simples.