UTF-8 está preparado para dominar o mundo, Latin1 não é.
Se você estiver tentando armazenar caracteres não latinos, como chinês, japonês, hebraico, russo etc., usando a codificação Latin1, eles terminarão como mojibake . Você pode encontrar o texto introdutório este artigo útil (e ainda mais se você souber um pouco de Java).
Observe que o suporte completo a UTF-8 de 4 bytes foi introduzido apenas no MySQL 5.5. Antes dessa versão, ele só vai até 3 bytes por caractere, não 4 bytes por caractere. Portanto, ele suportava apenas o plano BMP e não, por exemplo. o avião Emoji. Se você deseja suporte completo a UTF-8 de 4 bytes, atualize o MySQL para pelo menos 5.5 ou vá para outro RDBMS como o PostgreSQL. No MySQL 5.5+ é chamado
utf8mb4
.