OK. Você pode usar esta classe aqui (postada no pastebin por causa do tamanho do arquivo) em seu projeto. Mas lembre-se de manter as informações de licença do apache.
JDBC ScriptRunner
É uma cópia do iBatis ScriptRunner com as dependências removidas.
Você pode usar assim
Connection con = ....
ScriptRunner runner = new ScriptRunner(con, [booleanAutoCommit], [booleanStopOnerror]);
runner.runScript(new BufferedReader(new FileReader("test.sql")));
É isso!
