Depende. Veja a postagem do Blog de Desempenho do MySQL sobre este assunto:Para SQL_CALC_FOUND_ROWS ou não para SQL_CALC_FOUND_ROWS ?

Apenas um resumo rápido:Peter diz que depende de seus índices e outros fatores. Muitos dos comentários da postagem parecem dizer que SQL_CALC_FOUND_ROWS é quase sempre mais lento - às vezes até 10x mais lento - do que executar duas consultas.