SQLAlchemy não conhece seu aplicativo Flask. Portanto, se você quiser usar SQLAlchemy puro, precisará gerenciar conexões.
Lidar com esses tópicos sozinho sem conhecimento suficiente sobre conexões de banco de dados, conexões persistentes e pool de conexões pode levar a erros e desempenho muito ruim. A prática recomendada é usar Flask-SQLAlchemy para abstrair o gerenciamento de conexão db.