Como o seu aplicativo flask e as imagens do Postgres não estão no mesmo container docker, você não pode acessar o banco de dados via localhost !!
na URL do seu banco de dados, substitua localhost o nome do Postgres Service em docker-compose/
engine = create_engine('postgresql://user:[email protected]{}:5432/database'.format('service_name_of_postgres'))
parabéns por esta resposta.
