Se encerrar o servidor de aplicativos causar chamadas JDBC que encerram a sessão do banco de dados, isso não deve acontecer. Se não fechar a conexão JDBC corretamente, eu chamaria isso de um bug no servidor de aplicativos. Se isso acontecer, mas as consultas no back-end não forem canceladas, eu chamaria isso de um bug no driver JDBC.

De qualquer forma, uma solução alternativa é definir tcp_keepalives_idle para um valor baixo para que o servidor detecte conexões TCP inativas rapidamente e encerre a consulta.