poderia tentar um grupo por... Também certifique-se de que o col1 esteja indexado em ambas as tabelas
SELECT COUNT (col1 )
FROM
(
SELECT aa.col1
FROM A aa JOIN B bb on aa.col1 = bb.col1
GROUP BY (aa.col1)
)
SELECT COUNT (col1 )
FROM
(
SELECT aa.col1
FROM A aa JOIN B bb on aa.col1 = bb.col1
GROUP BY (aa.col1)
)