Usando
gnu awk (devido ao RS) awk '{$1=$1} NR%2==1 {printf "%s,",$0} NR%2==0' RS="[,\n]" file
XXXXXXXXXX,YYYYYYYYYY
TTTTTTTTTTT,UUUUUUUUUU
RRRRRRRRR,JJJJJJJJJ
111111111111,22222222222
333333333333,44444444
5555555,666666
EEEEEEEE,WWWWWW
QQQQQQQ,PPPPPPPP
{$1=$1} Limpa e remove espaços extrasNR%2==1 {printf "%s,",$0} imprime partes ímparesNR%2==0 imprime parte par e nova linhaRS="[,\n]" define o registro para , ou nova linha