Existe uma opção relacionada:Restaurar ambiente . Está ligado por padrão.

Abra o menu de contexto para uma conexão (fechada) e vá para a guia "Avançado". Cito o manual do pgAdmin 1.16 aqui :

Ele não fixa um estado específico para sempre, mas reabre de onde você deixou. Como você está no mesmo lugar 99% do tempo, isso deve funcionar bem para você.

Seu segundo problema (navegador perdendo o foco após a alteração do DDL) é um bug da versão atual, pelo que sei.