A interface de consulta faz parte do ORM SQLAlchemy e
table não está mapeado para uma classe. A resposta à qual você vinculou usa metadados vinculados (desencorajados no SQLAlchemy moderno). O seguinte deve funcionar:
stmt = table.delete().where(table.c.column.in_([1,2,3,4,5]))
with engine.connect() as conn:
conn.execute(stmt)
Editar:
Percebi que você pode fazer isso:
session.query(table).filter(table.c.column.in_([1,2,3,4,5])) \
.delete(synchronize_session=False)
