Primeiro, o problema surge porque o R está tentando converter para uma localidade do Windows que oferece suporte a UTF8. Infelizmente, Brian Ripley relatou várias vezes que o Windows não possui localidades UTF8. Das horas gastas pesquisando na web, StackOverflow, Microsoft, etc., cheguei à conclusão de que a Microsoft
Como resultado, não tenho certeza de que haja uma solução fácil para isso, se houver alguma solução. O melhor que posso recomendar é envolver algum tipo de conversão no lado do servidor, analisar a filtragem dos dados, se possível, ou tentar um idioma diferente, se apropriado (por exemplo, chinês, japonês, coreano).
Se você decidir envolver um conversor, unicode.org recomenda este kit de ferramentas de UTI .