Use
unnest para converter a matriz em linhas e, em seguida, array_agg para construir um array a partir do id s Deve ser algo assim:
SELECT v AS value_repeated,array_agg(id) AS is_repeated_on FROM
(select id,unnest(array) as v from my_table)
GROUP by v HAVING Count(Distinct id) > 1
Observe que
HAVING Count(Distinct id) > 1 está filtrando valores que não aparecem nem uma vez