Eu percebo que esta é uma pergunta bastante antiga, mas para outras que podem acabar aqui, você também pode implementar uma estratégia de nomenclatura personalizada, ao configurar sua fábrica de sessões, você adicionaria:
Fluently.Configure(new Configuration()
.SetNamingStrategy(new CustomNamingStrategy()))...
Em CustomNamingStrategy, implemente a interface NHibernate.Cfg.INamingStrategy e para todos os métodos basicamente apenas retorne os parâmetros com aspas em torno deles.
